Organami Inspekcji Weterynaryjnej są: główny, wojewódzki, powiatowy i graniczny lekarz weterynarii.
Na czele Inspekcji stoi Główny Lekarz Weterynarii, mający status centralnego organu administracji rządowej. Głównego Lekarza Weterynarii powołuje i odwołuje Prezes Rady Ministrów, przy czym powołanie następuje na wniosek Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi. Główny Lekarz Weterynarii kieruje Inspekcją Weterynaryjną przy pomocy dwóch zastępców oraz Głównego Inspektoratu Weterynarii. Na szczeblu powiatu właściwym organem do wykonywania zadań Inspekcji Weterynaryjnej jest powiatowy lekarz weterynarii, jako organ administracji niezespolonej, podległy wojewódzkiemu lekarzowi weterynarii. Terenowe organy Inspekcji Weterynaryjnej wykonują swoje zadania odpowiednio przy pomocy wojewódzkiego, powiatowego i granicznego inspektoratu weterynarii. Szczegółową organizację terenowych urzędów Inspekcji Weterynaryjnej określa zarządzenie Nr 11 Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 19 kwietnia 2004 r. w sprawie organizacji wojewódzkich, powiatowych i granicznych inspektoratów weterynarii (Dz. Urz. MRiRW Nr 11, poz. 12). Pracownicy Głównego Inspektoratu Weterynarii oraz wojewódzkich, powiatowych i granicznych inspektoratów weterynarii, jak również osoby pełniące funkcje wojewódzkich, powiatowych i granicznych lekarzy weterynarii oraz ich zastępców, zgodnie z postanowieniami ustawy z dnia 18 grudnia 1998 r. o służbie cywilnej (Dz. U. z 1999 r. Nr 49, poz. 483 z późn. zm.), wchodzą w skład korpusu służby cywilnej.
Celem funkcjonowania służby cywilnej, stosownie do art. 153 Konstytucji RP, jest zapewnienie bezstronnego i politycznie neutralnego wykonywania zadań państwa przez kadry urzędnicze, pracujące w administracji publicznej na stałe. W myśl postanowień art. 15 ustawy o Inspekcji Weterynaryjnej organem pierwszej instancji właściwym, w sprawach związanych z wykonywaniem zadań i kompetencji Inspekcji Weterynaryjnej jest powiatowy lekarz weterynarii, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej. W zakresie właściwości instancyjnej organów Inspekcji Weterynaryjnej, przez którą rozumiemy właściwość organu do weryfikacji decyzji wydanej przez organ administracyjny niższej instancji, organem wyższego stopnia w stosunku do powiatowego jest wojewódzki lekarz weterynarii, w stosunku zaś do wojewódzkiego lekarza weterynarii i granicznego lekarza weterynarii – Główny Lekarz Weterynarii. Dodatkowo ustawa przewiduje, w przypadkach uzasadnionych szczególną wagą lub zawiłością sprawy, możliwość podejmowania przez organ wyższej instancji wszelkich czynności należących do zakresu działania organu niższego stopnia. W takim przypadku organ wyższego stopnia staje się organem pierwszej instancji. Przepisy ustawy o Inspekcji Weterynaryjnej przewidują możliwość powierzenia określonych czynności z zakresu kompetencji organów Inspekcji Weterynaryjnej osobom nie będącym jej pracownikami. Oznacza to, że dopuszczają one, iż pewne zadania Inspekcji Weterynaryjnej mogą być realizowane nie przez organy administracji publicznej, znajdujące się w strukturze organizacyjnej państwa lub samorządu terytorialnego, lecz przez odpowiednio umocowany podmiot prywatny realizujący funkcje z zakresu administracji publicznej. Możliwość taką przewiduje art. 16 i 18 ustawy o Inspekcji Weterynaryjnej. Stosownie do art. 16 ust. 1 ustawy powiatowy lekarz weterynarii może wyznaczyć na czas określony lekarzy weterynarii niebędących pracownikami Inspekcji do prowadzenia określonych czynności z zakresu jej zadań.
Czynności te mogą w szczególności polegać na wykonywaniu:
- ochronnych szczepień i badań rozpoznawczych,
- nadzoru nad miejscami gromadzenia, skupu lub sprzedaży zwierząt, targowiskami oraz wystawami, pokazami lub konkursami zwierząt,
- badania zwierząt umieszczanych na rynku, przeznaczonych do wywozu oraz wystawiania świadectw zdrowia,
- nadzoru nad ubojem zwierząt rzeźnych, w tym badania przedubojowego i poubojowego, oceny mięsa i nadzoru nad przestrzeganiem przepisów o ochronie zwierząt w trakcie uboju,
- nadzoru nad rozbiorem, przetwórstwem lub przechowywaniem mięsa i wystawiania wymaganych świadectw zdrowia,
- nadzoru nad przetwórstwem i przechowywaniem jaj konsumpcyjnych i produktów jajecznych,
- pobierania próbek do badań.
Ustawa dopuszcza również wyznaczenie osób nie posiadających tytułu lekarza weterynarii do wykonywania niektórych czynności o charakterze pomocniczym. Ze szczególnym rodzajem wyznaczenia mamy do czynienia w art. 18 ustawy. Na podstawie tego artykułu organ Inspekcji, w przypadku stwierdzenia zagrożenia epizootycznego, zagrożenia bezpieczeństwa produktów pochodzenia zwierzęcego lub gdy jest to niezbędne ze względu na ochronę zdrowia publicznego albo dla zabezpieczenia gospodarki narodowej przed poważnymi stratami, może nakazać lekarzowi weterynarii wykonywanie czynności prowadzących do likwidacji zagrożenia. Wyznaczenia dokonuje się w drodze wydania decyzji administracyjnej. W decyzji tej organ Inspekcji Weterynaryjnej powinien określić rodzaj i zakres wyznaczonych czynności. W celu możliwości wykonywania czynności wyznaczonych, o których mowa w art. 16 ust. 1 ustawy, niezbędne jest także zawarcie umowy pomiędzy organem Inspekcji Weterynaryjnej a osobą wyznaczoną. Umowa ta powinna określić w szczególności sposób, zakres i miejsce wykonywania czynności, wysokość wynagrodzenia za ich wykonanie oraz termin płatności. Wyznaczonemu lekarzowi weterynarii przysługuje, na równi z lekarzami weterynarii zatrudnionymi w Inspekcji, status urzędowego lekarza weterynarii. Oznacza to, iż w zakresie wykonywania zadań zleconych podlega on szczególnej ochronie prawnej, przewidzianej dla funkcjonariuszy publicznych. Ochronie takiej podlegają również osoby wyznaczone do wykonywania czynności pomocniczych. Nadzór nad działalnością Inspekcji Weterynaryjnej sprawuje Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi, który jest naczelnym organem administracji rządowej, właściwym w dziedzinie weterynarii. Kompetencje ministra właściwego do spraw rolnictwa w tym zakresie wynikają z art. 22 ust. 1 ustawy z dnia 4 września 1997 r. o działach administracji rządowej (Dz. U. z 1999r. Nr 82, poz. 928 z późn. zm).